祖师庙创建于清乾隆34(1769)年,在道光13(1833)年时因地震损毁而重建。到1895年时又惨遭日军焚毁,四年后(1899)在地方士绅筹划下二度重建。第三次则在台湾光复后,由艺术家李梅树先生主导设计规划,他主张祖师庙该成为一座融合中国历史、文化和寺庙艺术的庙宇,同时因其本身的西画素养,使祖师庙又加入了西洋美术的色彩里供奉的是清水祖师。其生平众说纷纭,各庙记载不一,若依三峡祖师庙的说法则是:祖师本名陈昭应,为北宋开封府人,因功受封并在福建省安溪县清水岩建立祠堂,并隐居于清水岩,故称清水祖师,安溪人则称其祠为「祖师庙」。
后来安溪人迁移来台,为求神佛庇佑,于是带着清水祖师一同前来,并定居于三峡。由于清水祖师显赫灵验,多年来祖师庙一直是三峡信仰与社会活动的重心,其在建筑、雕刻、绘画上的表现,是台湾庙宇中的经典之作。
整座祖师庙乃是以木为顶、以石为基的建筑,采五门三殿式的格局,庙顶层层迭迭,每根脊上都有富丽堂皇的装饰,庙内则无处不雕、无处不琢。其中最精彩的是庙中的石雕、石刻,不论就技巧与手法分析,都是民间艺术之最,其师傅中不乏已列国宝级之人物。
屋顶和屋檐下方的梁架,可说金碧辉煌、琳琅满目,尤其是人物的雕刻栩栩如生。庙中全以石材为壁,其图案都以民间故事或历史典故为题。龙柱为台湾庙宇最常见之物,但一庙中顶多二、三对,而祖师庙内全部完工时将有156根之多。庙中柱子依主题可分为双龙柱、单龙柱、花鸟柱及有对联的圆柱,其中以正殿三对最为精致。此外,柱础在鼓身的弧面上,则依谐音雕了许多含吉祥意的图形如 :螃蟹(甲第)、双鱼 (余)等。至于龙柱上头的柱斗,则是刻有希腊柱头风味的树叶图形,显现了祖师庙中西合璧的特色。铜雕、木雕、石雕是祖师庙最引以为傲,也最特殊之处,大异于一般庙宇的彩绘装饰,其题材多出自中国民间故事、神话或历史典故,另外还有许多他处看不到的动物题材。