北门游客中心是由北门洗涤盐工厂旧建物群中的西南侧仓库群所改建,外观仍保留着原工厂山墙斜屋顶造型。全馆布设由北而南以地理分区概念介绍云嘉南滨海风景区的景点,并整合区内「盐业历史」、「湿地生态」、「宗教人文」、「地方产业」与「文学艺术」等观光资源,规划主题区介绍与多媒体互动区。
馆内除了有简报室可欣赏观光资源影片,以及各项多媒体展区与游客互动外,主要有二大展示特色:
◎素人画家-洪通的艺术展墙:无师自通的北门素人画家洪通先生,有「东方毕加索」之称。其作品画面流露出灵性与强烈的精神力量、笔触细腻、纹理形式繁琐,神秘的文字画与用色丰富的画风,至今仍为人所称道。管理处运用其多元神秘的瑰丽画作,妆点于游客中心东侧门窗及西侧外墙,欢迎您细细欣赏。
◎海翁返北门-抹香鲸标本区:说起这抹香鲸标本与北门的渊源可深了…。2005年12月29日北门乡民发现了这位搁浅于王爷港汕上的巨大访客(身长约14公尺、重达50公吨的雄性抹香鲸),由于体积与重量过于庞大而就地先行掩埋。2008年2月,在当时台南县政府、台湾博物馆及专业团队与热心的北门乡亲支持下,抹香鲸破土重出,标本制作完成后并于台湾博物馆展出,2009年移展至台南萧垄文化园区,并于当年12月4日运回北门游客中心,受到北门乡亲热烈的欢迎。